Это какое-то весьма странное деление самого Яндекса, мол все что ПАЗ и ему подобное на пригороде - автобус, а в городе - маршрутка. Кто это придумал, я не знаю, у 2гис вообще условная 3 или 4 это маршрутка, а 11 автобус.
А по поводу агломерации - никаких ограничений на эту тему нет, данные передаются независимо от Дептранса Краснодара.