Деление по видам транспорта - условное и полностью на совести редакторов "Яндекса". В российском законодательстве давно нет понятия "маршрутное такси", и во многих городах навалом маршрутов, где могут ходить автобусы разных классов. Плюс ситуация наоборот: в "Яндексе" нет электробусов, все они считаются автобусами (если они работают на автобусных маршрутах). Вот тут как раз совпадение с законодательством РФ, по которому практически все электробусы являются автобусами категории D. На деле же многие города позиционируют электробусы как отдельный вид общественного транспорта.
Ведомственных и территориальных ограничений по маршрутам у "Яндекса" нет. Всё зависит от того, есть ли информация о маршруте в системе и передаются ли о нём ГЛОНАСС-данные. Если всё пучком, то он отображается на картах.